Les quatres espèces les plus communes de manchots présents aux Kerguelen sont les suivantes :
- les manchots royaux vivent dans des grandes colonies (jusqu'à plusieurs dizaines de milliers d'individus) sur des zones de grandes plages.
- les manchots papoux vivent dans de petites colonies (quelques dizaines d'individus), en général dans des zones de dunes en arrières de plages. Le manchot papou est le seul manchot restant toute l'année aux Kerguelen. Il est également le seul à pouvoir courrir.
- les gorfous sauteurs vivent dans des petites colonies (quelques dizaines d'invidus) dans des zones d'éboulis et de rochers, en bordure immédiate de la mer. C'est le plus petit des manchots présents dans l'archipel (une cinquantaine de cm de haut).
- les gorfous macaroni vivent dans des colonies moyennes (quelques centaines à quelques milliers d'individus), en général dans des falaises d'éboulis. Ces colonies sont parfois en voisinage immédiat avec des colonies d'albatros à sourcils noirs. Cette espèce de manchot peut être assez agressive.
Il est assez courant d'observer quelques individus de gorfou de Schlaegel dans des colonies de gorfous macaronis. Ils diffèrent de ces derniers par une teinte plus ou moins blanche sur la tête. Exceptionnellement, un ou deux manchots à jugulaire peuvent être observés de passage sur les îles de l'archipel, parmi des manchots papou.